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单细胞测序服务
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单细胞测序服务－10x Genomics 空间转录组测序
从组织切片中获得转录组数据
定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达
检测组织样本中的所有基因活动，并绘制活动发生的位置
技术原理
空间转录组以能够精确获得组织不同位置的空间基因表达信息而备受关注。这一技术的应用在精准医疗时代具有里程碑式的意义，尤其是在肿瘤研究领域。在过去两年，10x的空间转录组技术只能适用新鲜冷冻样品，这对于长期保存的珍贵临床组织样本的疾病信息、治疗信息以及生存信息的应用非常有限。
最近已经发布的Visium FFPE空间转录组，可以实现人和小鼠18000多个基因的空间全转录谱检测。其特异性的mRNA靶向探针捕获原理能够针对性地解决FFPE样本的RNA降解片段化问题，从FFPE 样本中以高灵敏度和高特异性分析相关基因的表达。
利用适用于新鲜样本的Visium和适用于石蜡包埋样本的Visium for FFPE的空间转录组测序技术，我们可以精确检测组织样本中的基因活动，并能结合空间位置信息，对整张组织切片进行分析，从而真正地实现在形态学背景下的探索性发现。
Visium空间转录组的技术核心在于芯片部分：
- 正式文库构建的芯片上有4个捕获区域（6.5mm X 6.5mm，可以检测4个样本）
- 每个捕获区域含有约5000个spot
- 每个spot直径55μm，每个spot覆盖1-10个细胞
- spot与spot中心点之间的距离为100μm
- 每个spot含有上百万个可以与mRNA结合的捕获探针，每个spot里的探针上都带有独特的spatial barcodes，用以标记捕获的mRNA的空间位置。
10x Visium 空间转录组测序：
将新鲜冷冻的组织切片，置于文库制备载玻片上，经过固定，染色后，透化释放出mRNA，mRNA与芯片上空间条形码捕获探针相结合，从而捕获基因表达信息。然后将捕获的mRNA合成cDNA制备测序文库，并进行测序。最后，根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。
10x Visium FFPE 空间转录组测序：
与冷冻组织空间转录组捕获原理不同，FFPE空间转录组首先针对人和小鼠的靶mRNA设计了两段连续的特异性探针，其中一段探针的一端带有人工合成的poly A尾结构。探针被杂交后，只有靶mRNA的两段连续探针同时被杂交，探针才会进行连接。接下来，将mRNA模板彻底降解掉，此时将仅存的探针序列从组织原位中透化出来，并被芯片spot中的oligo所捕获，随即进行延伸建库、测序分析。
应用方向
肿瘤学
>>>解析肿瘤微环境、肿瘤异质性、疾病进展、癌症形态、三级淋巴结构
免疫学
>>>肿瘤内部的浸润淋巴细胞的分布特征、免疫细胞基因表达特征
发育生物学
>>>发育过程中空间位置表达、发现组织中与形态相关的基因
神经科学
>>>绘制脑部细胞层、解析正常和病变区域表达特征
病理学
>>>增加表达维度的形态学结论、基因表达验证病理准确性
