前言

Infinium小鼠甲基化芯片覆盖的位点总结

2.高测定重现性：技术复制的再现性>98%

Infinium小鼠甲基化芯片上小鼠肿瘤SMAD3敲除(KO) DNA样本的β值的技术复制显示出>98%的r2值

样本要求

样品总量：每个样品总量不少于1ug。

样品浓度：最低浓度不低于50ng/ul。

样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间。

样品质量：基因组完整、无降解、无RNA污染。

样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用封口膜将样本密封好，以防出现污染。

部分结果展示

甲基化水平密度分布图

标准化Beta值的Boxplot图

PCA 聚类图

差异甲基化位点的热图

差异位点比较火山图

差异甲基化基因GO富集柱状图

差异甲基化基因KEGG富集气泡图

2. Mani S，Ghosh J，et al. Embryo cryopreservation leads to sex-specific DNA methylation perturbations in both human and mouse placentas. Human Molecular Genetics.2022

体外受精（IVF）与DNA甲基化异常和不良妊娠结局的发生率较高有关。然而，在众多试管婴儿干预措施中，哪些暴露导致了这些结果仍然未知。冷冻胚胎移植（ET）越来越多地被用作新鲜胚胎移植的替代品，但报告表明冷冻胚胎移植的先兆子痫和大于胎龄儿的发生率更高。本项研究使用850K Infinium MethylationEPIC珠芯片阵列检测了人类胎盘中的DNA甲基化，对9名患者在采取冷冻和新鲜胚胎移植连续怀孕后提供的胎盘进行配对亚组分析。同时，使用Infinium Mouse Methylation BeadChip小鼠甲基化微珠芯片分析来自新鲜和冷冻胚胎移植的八个小鼠胎盘。研究发现与新鲜胎盘相比，冷冻ET后的人和小鼠胎盘显著甲基化，并且这些表观变化具有性别差异性。小鼠和人类的变化之间的相似性强调了小鼠模型在评估体外受精如何影响表观遗传景观方面的适用性，这对于获得人类组织的有限途径和在小鼠中分离特定干预措施的能力是有价值的。

3. Perez-Correa J F, Tharmapalan V，et al. Epigenetic Clocks for Mice Based on Age-Associated Regions That are Conserved Between Mouse Strains and Human. Front Cell Dev Biol. 2022

小鼠的衰老可以通过基因组中特定位点的DNA甲基化变化来追踪。在本项研究中，作者使用最近发布的Infinium Mouse Methylation BeadChip小鼠甲基化微珠芯片来比较C57BL/6（B6）和DBA/2J（DBA）小鼠中的这种表观遗传修饰。在这些常用的近交系小鼠菌株中观察到了与年龄相关的DNA甲基化的显著差异：在B6小鼠中，年龄相关的低甲基化盛行于CpG岛的集中甲基化，而在DBA小鼠中，CpG岛在衰老时表现出相当低的甲基化。有趣的是，在B6和DBA小鼠中，年龄相关性最高的CpG仍然重叠，包括基因Hsf4、Prima1、Aspa和Wnt3a。其中Hsf4、Aspa和Wnt3a在人类同源区域的甲基化也与年龄高度显著相关。作者使用四个相关区域的焦磷酸盐测序建立了一个靶向表观遗传时钟，为其他研究人员分析小鼠衰老提供了一个通用工具。