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介绍一下~一种新的表面抗体类型集合,对接10x 3’端转录组测序
发布日期:2019-11-28浏览:

TotalSeq™-A Human TBNK Cocktail

1. 产品描述

The TotalSeq™-A Human TBNK Cocktail包含表面抗体类型:CD19, CD3, CD16, CD4, CD11c, CD56 (NCAM), CD14, CD8, CD45,用来和免疫细胞反应以便对免疫细胞的定义和分类。

该产品以冻干粉的形式保存,便于同时或在不同时间点处理多个样品时,可减少移液和不同批次造成的不一致性。它还提供了经过优化和滴定的抗体,包装在方便的一次性小瓶中,可以立即使用。

 

2. 抗体构造

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图1 TotalSeqTM-A模型图

 

每个克隆都用独特的寡核苷酸序列(Antibody Barcode)对对应抗体进行标记,这样可将测蛋白序列转化为测核苷酸序列;含有illumina标准Small Truseq RNA read 2序列(PCR Handle),进行建库测序(图1)。

 

3. 对接3’端10x单细胞转录组测序(10x Single Cell Reagent Kit v3.1)

10x Gel Beads poly(dT)序列与抗体寡核苷酸中poly(A)尾巴进行互补配对,富集抗体连接的寡核苷酸序列,进行扩增延伸,将10x barcode标签加到寡核苷酸链上(图2)。

图2 抗体与10x Gel Beads配对延伸

 

利用密度离心将细胞表面蛋白寡核苷酸与10x单细胞转录组cDNA分离分离(图3)。

演示文稿3

图3转录组cDNA与表面蛋白寡核苷酸分离

 

接下来进行建库,加上二代测序引物接头(P5和P7),利用2100进行质检,表面蛋白寡核苷酸序列(ADT)长度约为180nt(图4),质检合格后对接二代测序仪进行测序(注:10x Single Cell Reagent Kit v3.1使用的protocol参考CG000185 Rev B)。

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图4 ADT 2100质检图

 

4. Antibody barcode信息

表1是该产品包含的8中ADT feature barcode的详细信息,包括ID、抗体类型、克隆类型、亚型以及序列信息。

表1 ADT feature barcode的详情表

5. TotalSeq™-A TBNK Cocktail与10x Genomics Single Cell 3' v3 feature barcoding kit 结合测序的Demo数据

用TotalSeq™-A TBNK Cocktail对人类外周血单核细胞进行染色,并结合10x Genomics Single Cell 3'v3feature barcoding kit,进行测序。蛋白质计数数据被转换并利用UMAP可视化,对细胞簇进行鉴定(图5)。

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图5利用TotalSeq™-A TBNK Cocktail鉴定免疫细胞谱系

 

6. 产品使用细节(与10x结合)

适用范围:人(暂时仅在人PBMC上进行了测试。使用裂解的全血可能需要进一步优化。)

细胞个数:106

抗原分布:T cells, B cells, NK cells, NKT cells, monocytes

 

参考网址:

Biolegend, TotalSeq™-A Human TBNK Cocktail, https://www.biolegend.com/en-us/products/totalseq-a-human-tbnk-cocktail-18614?from=singlemessage&isappinstalled=0

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