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10x 解读丨肺肿瘤微环境中基质细胞的表型构建
发布日期:2019-05-28浏览:

Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment

肺肿瘤微环境中基质细胞的表型构建

 

 

发表时间:2018年8月

期刊:Nature medicine (IF: 32.621)

单位:比利时鲁汶大学

技术平台:

scRNA-seq: 10x Chromium Single-Cell Immune Profiling Solution

 

Sequencing: Illumina HiSeq4000

 

样本信息:人肺癌TME(肿瘤微环境)52,698细胞

 

研究思路

 

 
 
研究结果
 

1. 非恶性肺和肺肿瘤的细胞分型

图1b展示了52698个细胞的来源(肿瘤/非肿瘤)、病人分布、细胞类型以及转录本的表达丰度。图1c是不同基质细胞亚群marker表达图,最后是整体展示细胞与转录本在不同细胞类群、组织类型、病人等的分布。总体而言,该分析显示存在复杂的细胞生态系统,包含52种不同的基质细胞亚群和12种癌细胞亚群(图1d)。

图1 人肺癌TME转录组的52698细胞目录

 

2.肿瘤内皮细胞

将检测到的1592个内皮细胞再次聚类显示出6个cluster,揭示了在肿瘤和非恶性样本中一组85个淋巴管内皮细胞(cluster 6;marker基因PDPN和PROX1),以及5组血液内皮细胞(FLT1+):两个主要是肿瘤衍生的(cluster 3和4;IGFBP3+和SPRY1+)和两个主要是非恶性肺来源的(cluster 1和5;MT2A+和EDNRB+)(图2a、2b)。

图2 内皮细胞簇

3.肺肿瘤的成纤维细胞

将检测到的1465个成纤维细胞再次聚类揭示了7种不同的亚型,成纤维细胞总体上仅在肿瘤中适度富集,但cluster 1在肿瘤中强烈富集且cluster 6富集在非恶性样品中(图1d;图3a、3b)。

图4 B细胞簇

 

结论

本文共选取5例共19个样本,通过10x genomics单细胞转录组测序探索基质细胞的亚群分类、基因功能(信号通路)、关键marker基因和临床预后。共鉴定出52个基质细胞亚群,反映了肿瘤微环境复杂性。此次绘制出的肺癌全面图谱能够为科学家们提供一种研究细胞类型的基准,便于后期研究人员在体外或动物模型中对这些细胞类型进行深度研究。同时,这些基质细胞亚型的生物标记作用,对患者的治疗与预后评估也至关重要。

 

参考文献

Lambrechts D, Wauters E, Boeckx B, et al. Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment. Nat Med. 2018;24(8):1277-1289

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