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未来的肿瘤治疗管理需更加个性化 : 两篇多组学文章结果显示肿瘤基因突变在不同性别、不同种族间存在差异
发布日期:2017-12-04浏览:
人体肿瘤千差万别,即使是同一个部位的肿瘤,治疗效果和方法也应因人而异,因此在治疗肿瘤过程中,实施个体化治疗,才能针对不同类型的病人选择合适他们的药物。11月份的两篇分别发表在《Cancer Cell》和《PLOS GENETICS》上的肿瘤基因组学文章结果进一步证实了这种结论,文章结果表明肿瘤基因突变在不同性别、不同种族间存在差异。
 
文章作者认为改进的识别个体肿瘤的这些特定分子特征的能力,将使未来的治疗和疾病管理更加个性化。
 
   
 
第一篇来自英国和美国的研究人员使用低覆盖度基因组测序,比较基因组杂交芯片(aCGH),外显子组测序及表达谱芯片,对来自140位具有非浸润性膀胱癌患者的肿瘤样本和匹配的正常样品进行研究,相关结果发表在11月13号的《Cancer Cell》上。
 
从这些数据中,他们鉴定出非浸润性膀胱癌的染色体稳定(GS1)和不稳定(GS2)两组亚型,并且两种亚型的无复发生存模式(recurrence-free survival)也不同。同时,研究人员发现了影响染色质修饰相关的频发性突变基因,这些基因突变在非浸润性膀胱癌中比肌肉浸润性膀胱癌更常见。该分析还揭示与男性病例相比,组蛋白去甲基化酶编码基因KDM6A中的突变在女性患者中更为常见。
 
图片来源:Cancer cell
 
第二篇文章来自南加州大学以及其他地方的研究人员对700多名多发性骨髓瘤(MM)患者的基因组和转录组数据进行研究,以确定不同祖先的患者之间是否存在分子差异。相关结果发表在11月22的《PLOS GENETICS》上。
 
研究人员分析了参与“Multiple Myeloma Research Foundation's CoMMpass study”研究的721例患者的数据,包括128位非洲裔美国人和593位白种人,并对纳入患者的骨髓肿瘤以及匹配的正常样本进行全外显子组和RNA测序。
 
外显子组测序结果中,肿瘤样本的测序深度为124×,对照样本的为126×。研究人员使用MutSig CV算法发现,虽然非裔美国人和白种人携带大致相同数量的非同义突变,但是这些突变的基因是不同的。例如, RYR1,ANKRD26,BCL7A,BRWD3和AUTS2等基因在非裔美国人的多发性骨髓瘤患者中具有较高的突变率。 相比之下,IRF4和TP53的突变在白种人患者中显着更常见。 其中,TP53突变在欧洲血统患者中的频率是非裔美国人频率的6倍,同时研究者还指出携带TP53突变在欧洲血统患者中的频率可能会随样本量的增加而升高。
 
图片来源: PLOS GENETICS
 
由于TP53和IRF4的突变都是预后不佳的指标,他们预计欧洲血统的患者预后较差。 但与这种预期相反,非洲裔美国人的临床结果更差。 研究人员指出,出现这种现象可能是由于社会经济因素和不能获得高质量的医疗导致,而不是疾病的生物学特征。
 
参考文章:
1. Genomic Subtypes of Non-invasive Bladder Cancer withDistinct Metabolic Profile and Female Gender Bias in KDM6A Mutation Frequency . http://dx.doi.org/10.1016/j.ccell.2017.08.005
2. Comprehensive molecular profiling of 718 Multiple Myelomas reveals significant differences in mutation frequencies between African and European descent cases. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.1007087
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