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转录组客户文章三连发~~
发布日期:2018-12-10浏览:

目前,转录组测序(RNA-seq)正以一种高效、快捷的研究手段改变人们对转录组的认识。如有参考基因组序列,可以把转录本映射回基因组;获得剪切情况,转录位置等更全面的遗传信息。现已广发应用于生物学研究、医学研究和药物研究等。

 

晶能生物转录组测序(RNA-seq)项目多年经验,小编整理了三篇“mRNA –seq”的客户文章,带大家一起探探转录组测序研究动态。

 

 

客户文1

 

Symptoms of systemic lupus erythematosus are diagnosed in leptin transgenic pigs

 

系统性红斑狼疮症状出现于瘦素转基因猪中

 

 

发表期刊: PLoS biology(IF: 9.797)

发表日期:2018年8月

研究单位:中南大学

研究结果:瘦素在自身免疫性疾病的发展中起关键作用,并证明转基因瘦素猪可以作为SLE的有价值模型。

 

 

为进一步探索瘦素的免疫学作用,研究者开发了一种猪瘦素(pleptin)启动子控制的转基因瘦素猪,以过表达瘦素。组织学和血清免疫学水平上SLE相关症状比对发现瘦素在自身免疫性疾病的发展中起关键作用,并证明转基因瘦素猪可以作为SLE的有价值模型通过RNA深度测序分析发现瘦素过表达的猪在该疾病的多个方面表现出与人SLE非常相似显然,该研究支持瘦素和SLE症状之间的关联。

瘦素过表达猪疾病表现相关症状SLE非常相似

 

 

客户文2

 

Alternative Splicing Plays a Critical Role in Maintaining Mineral Nutrient Homeostasis in Rice (Oryza sativa)

 

选择性剪接在维持水稻(Oryza sativa)矿质营养平衡中发挥着关键作用

 

 

发表期刊: The Plant Cell(IF: 8.688  )

发表日期:2018年9月

研究单位:南京农业大学

研究结果:选择性剪接AS调节水稻矿质营养稳态中具有关键作用。

 

 

研究人员对水稻(Oryza sativa)根进行全转录组RNA测序发现水稻基因组约53.3%含多个外显子的基因存在可变剪接(AS),这些发生差异可变剪接的基因很少会发生差异表达,并且具有很高的元素特异性。为确定AS在元素代谢中的调控作用,对SR突变体分析显示三种SR蛋白编码基因调节水稻叶片和芽之间的P吸收和再活化,证明AS在调节矿质营养稳态中起关键作用

 

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AS在调节矿质营养稳态中起关键作用

 

 

 

客户文3

 

CHI3L1 promotes tumor progression by activating TGF-β signaling pathway in hepatocellular carcinoma

 

CHI3L1通过激活肝细胞癌中的TGF-β信号通路来促进肿瘤进展

 

 

发表期刊: Scientific reports(IF: 4.259 )

发表日期:2018年10月

研究单位:浙江大学

研究结果:通过调节细胞周期促进癌细胞增殖;

  • CHI3L1促进癌细胞的侵袭和转移;
  • CHI3L1调节肝癌TGF-β信号通路;
  • CHI3L1具有激酶活性或激活激酶以磷酸化SMAD2,SMAD3TGF-β信号转导中重要通路SMAD的信号分子)。

CHI3L1(YKL40)是一种分泌型糖蛋白,血清CHI3L1水平升高已被证实与许多人类癌症预后不良有关。研究人员使用肝细胞癌作为模型来研究CHI3L1的功能,发现在体内和体外,CHI3L1的过表达可促进肝癌细胞的生长,迁移和入侵。通过RNA-seq发现分析CHI3L1过表达影响参与细胞 - 细胞粘附,细胞外泌体和粘附连接的基因蛋白质印记分析进一步揭示其激活TGF-β信号通路

CHI3L1在体内外促进癌细胞增殖,转移,侵袭

 

蛋白印记分析揭示CHI3L1可激活TGF-β信号通路。

 

 

参考文献 

1. Symptoms of systemic lupus erythematosus are diagnosed in leptin transgenic pigs[J]. PLoS biology, 2018, 16(8): e2005354.

2. Alternative Splicing Plays a Critical Role in Maintaining Mineral Nutrient Homeostasis in Rice (Oryza sativa)[J]. The Plant Cell, 2018: tpc. 00051.2018.

3. CHI3L1 promotes tumor progression by activating TGF-β signaling pathway in hepatocellular carcinoma[J]. Scientific reports, 2018, 8(1): 15029.

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