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转录组客户文章|水产生物研究知多少?
发布日期:2018-10-12浏览:

我想大家对斑马鱼应该都不陌生吧!作为模式生物经常用于科学研究,为科研做出过不小贡献。但绝大多数的水产生物还尚不为人知。

 

随着近年来水产事业的蓬勃发展,水产经济物种的研究受到重视,通过提高物种的肉质、产量、育种率,降低疾病发生率等措施,使养殖利润大大增加。二代测序技术(NGS))的兴起能够帮助科研人员快速了解水产物种的基因组、转录组等组学信息,从而加速水产物种的研究。今天小编选了几篇客户文章,为大家叙叙水产生物的研究动态~~

 

客户文 1

 

Transcriptome analysis of the spleen of the darkbarbelcatfish Pelteobagrus vachellii in response to Aeromonas hydrophila infection  

     

杂志:Fish and Shellfish Immunology 

IF: 3.14    发表日期:2017.09

 

 

研究背景:

 

集约化水产养殖会增加鱼类对气单胞菌的感染几率,造成严重的经济损失。研究无鳞鱼类对气单胞菌的防御机制的研究很少报道,因此本文作者研究了瓦氏黄颡鱼感染气单胞菌后脾脏的转录表达谱。

 

结果分析:

 

1)气单胞菌感染后,27803个差异基因被鉴定,其中13934个上调,13869个下调表达。

2)功能富集分析显示这些差异基因参与了toll受体通路、B细胞受体通路、自然杀伤细胞调节的通路等。

3)从以上通路中,挑选出59个免疫相关的差异基因,它们可编码补体成分、白介素、干扰素等。随机选择9个基因进行qRT-PCR 验证,结果与测序一致。

 

图1 RNA-Seq和qRT-PCR的基因表达情况

 

结论:

 

   在瓦氏黄颡鱼肾脏中,补体成分、干扰素和Fcγ介导的吞噬作用对气单胞菌的感染起重要作用。

 


客户文 2

 

GeneExpression Patterns Regulating Embryogenesis Based on the Integrated DeNovo Transcriptome Assembly of the Japanese Flounder

 

杂志: Comparative Biochemistry and Physiology - Part D: Genomics and Proteomics   

 IF:2.25     发表日期:2017.01

 

 

研究背景:

 

牙鲆是最重要的海洋经济鱼类之一,然而对牙鲆胚胎发育及早期发育的分子生物学还不了解,因此作者通过转录组测序研究牙鲆早期胚胎发育的分子机制。

 

结果分析:

 

1) 取未受精卵到孵化41天后的胚胎,通过de novo 组装获得121513条转录本(≥200bp)。

2) 通过比对未受精卵和原肠胚组织,得到24837个差异表达的转录本,其中5286个是有注释信息的。

3)随机选择20个差异表达基因进行qRT-PCR 验证,结果与测序一致。

4)对差异基因进行富集分析,显示主要富集在各种代谢通路和生物合成通路中。

 

图2 A. qRT-PCR结果 B. RNA-seq结果

 

结论:

 

   作者找到了母系特有基因、合子特有基因以及母系-合子共有基因,有助于理解胚胎发育的分子机制。

 

 

客户文 3

 

De novo assembly and characterization of the Chinese three-keeled pond turtle (Mauremys reevesii) transcriptome: presence of longevity-related genes

 

杂志: PeerJ  IF:2.18  发表日期:2016.05

 

 

研究背景:

 

长寿一直是人们关注的,针对人类和模式生物已做过大量研究,对长寿的分子机制也有了一些了解,比如端粒结构的维持。草龟广泛分布在中国,韩国和日本,是研究长寿的理想模式生物。

 

结果分析:

 

取3个草龟个体脾脏、肝脏和骨骼肌的组织进行de novo RNA测序,通过分析找到一些与端粒酶有关的基因--tert, tep1,trf1, trf2, tpp1, pot1, tin2, rap1。这些基因可保护染色体末端不退化,有助于草龟长寿。

 

 

 

结论:

 

 通过de novo RNA测序找到与长寿有关的基因,主要与端粒酶的功能有关,为研究草龟长寿的分子机制提供线索。

 

参考文献

 

[1]  Qin C, Gong Q, Wen Z, et al. Transcriptome analysis of the spleen of the darkbarbel catfish Pelteobagrus vachellii in response to Aeromonas hydrophila infection[J]. Fish & Shellfish Immunology, 2017.

 

[2]  Fu Y, Jia L, Shi Z, et al. Gene expression patterns regulating embryogenesis based on the integrated de novo transcriptome assembly of the Japanese flounder[J]. Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics, 2017, 22: 58-66.

 

[3]  Yin et al. (2016), De novo assembly and characterization of the Chinese three-keeled pond turtle (Mauremys reevesii) transcriptome: presence of longevity-related genes. PeerJ 4:e2062; DOI 10.7717/peerj.2062.

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