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总结 | 单细胞研究之10x Genomics单细胞转录组测序
发布日期:2018-05-03浏览:
研究背景
 
细胞异质性(heterogeneity):同一类型细胞中可以存在很多不同的基因型或者亚型的细胞,因此同一种类型细胞在不同的个体甚至同一个体中存在分子生物学、表型、功能等方面的特性和差异。异质性存在于生殖细胞、胚胎细胞、神经细胞、免疫细胞、干细胞、肿瘤细胞等细胞中,这一特征使得单细胞测序研究具有重要意义,所谓的单细胞测序(single cell sequencing,SCS)是指对单个细胞进行DNA或RNA测序,在此我们主要介绍10x Genomics ChromiumTM 平台单细胞3’端转录组测序的研究应用。
 
技术优势
 
10x Genomics的技术核心是利用微流控芯片对细胞进行精确区分,保证每个小的反应体系(Gel Bead in Emulsion,GEM)中仅有一个单细胞。具备以下技术优势:
-不需要微量扩增,降低假阳性率
-真正的单细胞水平测序,Doublet rate:0.9%/1000个细胞
-灵活的获取量,可一次性对100-80000个细胞建库,提高效率
-7分钟之内即可完成单细胞体系制备,捕获效率高达65%
-广泛的研究应用领域,超短的项目周期
 
应用成果
 
从2016年底至今,10x Genomics ChromiumTM单细胞3’端转录组测序在单细胞研究领域硕果累累,先后发表了40余篇高影响因子文章,其中不乏Nature、Cell等著名期刊。所研究的细胞涵盖PBMC、神经、小肠等多种类型,研究方向主要涉及构建细胞图谱、发育分化、癌症和免疫研究等。
 
  
已发表 10x 单细胞转录组文章(影响因子分布&文章类型)
 
 
研究领域
 
 
 
细胞类型
生殖细胞、胚胎细胞、神经细胞、免疫细胞、肿瘤细胞、干细胞、其他原代细胞
 
样本要求
样本类型:动物细胞 - 单细胞悬液;植物细胞 - 原生质体。
细胞状态:细胞直径<30 μm;细胞活性>90%;细胞浓度 5×105~1.2×105/ml;不含 Ca2+ 和 Mg2+
细胞数目:上门提取:≥ 1×105 cells/sample;
                  样本寄送:≥ 2×105 cells/sample。
保存运输:为了减少运输过程及反复冻融对细胞造成的损伤,晶能提供上门服务!
 
项目经验
我们具有丰富的项目经验,稳定成熟的实验技术,处理过各种类型的细胞,除完善的标准分析内容之外,还兼具个性化的高级分析内容,只要您有想法我们愿为您的论文锦上添花!
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