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关于我们 专家顾问

徐剑锋

医学硕士/公共卫生博士/复旦大学“千人计划”

研究方向

徐剑锋教授是美国维克森林大学医学院的终身教授和肿瘤基因组中心主任,主要从事遗传流行病学、肿瘤基因组学和转化医学研究,利用全基因组关联分析和肿瘤基因组研究,筛选并鉴定与疾病发生和预后相关的基因,将研究成果转化为临床应用,包括疾病个体化预防、筛查、诊断和治疗等。已发表了近200篇SCI论文,包括~20篇新英格兰医学杂志,自然遗传杂志,科学杂志。

工作业绩

2010年,徐剑锋教授作为“千人计划”学者受聘于华山医院担任泌尿外科研究所所长一职,有丰富的临床病人和肿瘤组织资源。同时徐剑锋博士受聘于复旦大学生命科学学院特聘教授,并创建了复旦­文安德遗传流行病学研究中心。已组建以基因分型和基因组测序为主的实验室,以及一批优秀的遗传流行病学、生物信息学和数据分析研究人员组成的综合研究团队。从2014年年中徐剑锋教授作为晶能生物的专家团队带领公司核心技术和产品的研发,对晶能的发展起了重要的作用。

教育背景

1979年9月-1984年7月,上海医科大学;

1984年9月-1987年7月,上海医科大学公共卫生学院,理学硕士;

1991年6月-1992年5月,美国约翰霍普金斯大学公共卫生学院,公共卫生硕士;

1993年10月-1997年1月,美国约翰霍普金斯大学公共卫生学院,遗传流行病学,公共卫生博士。

工作经历及职位

1987年7月-1991年6月,上海医科大学公共卫生学院,讲师;

1992年5月-1993年6月,约翰霍普金斯大学公共卫生学院,博士后研究员;

1993年10月-1997年1月,约翰霍普金斯大学医学院,遗传流行病学家;

1997年6月至今,约翰霍普金斯大学公共卫生学院,兼职助理教授;

1997年1月-2000年6月,马里兰大学,医学助理教授;

2000年6月-2004年6月,美国维克森林大学医学院,公共卫生和肿瘤生物学,副教授;

2004年7月至今:美国维克森林大学医学院,公共卫生和肿瘤生物学,教授;遗传流行病学,主任;

2005年3月-2008年4月,肿瘤基因和分子流行病学项目,主管;

2005年3月至今,美国维克森林大学医学院,人类基因组中心,主任;

2008年5月至今,美国维克森林大学医学院,肿瘤基因组中心,主任;

2010年3月至今,复旦大学,泌尿医学研究所,主任。

包雷

生物信息学博士

研究方向

主要从事生物信息与生物统计的研究

工作业绩

转化生物信息学共享平台,2010年–2015年,为UCSD多个PI的转化医学科研,提供生物信息和生物统计的共享平台支持。侧重于临床实验设计和基因组高通量数据(特别是二代测序)处理,参与的主要项目包括:1)同时性双侧乳腺癌外显子和全基因组测序分析;2)甄别自闭症和正常儿童群体的RNA测序分析;3)同卵双生子心血管疾病对吸烟依赖性的全基因组甲基化分析。具有丰富的生物大数据和高性能计算平台搭建方面的经验,精通各种二代测序方案和数据分析,包括全基因组和外显子组测序,RNA-seq、Chip-seq等。

分子诊断,2009年–2010年,在CLIA授权及CAP认证的分子诊断实验室,从事基于多基因表达谱的迁移肿瘤分类的专利诊断产品研发,并作为两位主管统计师之一,深度参与为该产品寻求FDA批准(510(k) clearance)而开展的大规模临床试验(clinical trial)。具有丰富的生物分子标记发现和鉴定、统计预测模型构建,及建立诊断产品标准操作规范(SOP)的经验。

癌症基因组学和药物基因组学,利用二代测序和表达微阵列等高通量技术,来发现和验证影响癌症预后和药物治疗敏感性的遗传特征谱(genetic signature)。针对肿瘤特有的组织异质性和低丰度突变,开发专门的二代测序分析工具。

复杂遗传病的系统生物学,针对复杂遗传病,开发和利用一系列计算生物学工具来筛选和鉴定遗传病易感基因,包括基因组关联分析(GWAS),eQTL分析,人鼠同源疾病比对,调控网络构建,及高通量组学数据整合等。

遗传突变位点的功能注释:测序得到的全基因组单核苷酸多态性(SNP)和其它遗传突变位点,大多数是中性突变,只有具有功能的一小部分突变才是遗传病的潜在位点。为了优选功能性的突变,开发了一系列功能注释工具,包括编码区SNP是否具有破坏蛋白质功能的倾向性,非编码区SNP是否导致microRNA结合位点的产生和湮灭,以及非编码区SNP是否在绝缘子区(insulator)从而影响基因的表达等。

教育背景

1992年-1996年,上海交通大学,生物工程学士;

1996年-1999年,中科院上海生物化学研究所,分子生物学硕士;

1999年-2003年,清华大学,生物信息学博士。

工作经历及职位

2004年–2006年,田纳西大学健康科学中心(UTHSC),博士后研究员;

2007年–2008年,弗吉尼亚理工大学生物信息研究所(Virginia Tech),统计遗传学研究员(Statistical Geneticist);

2009年–2010年,生物梅里埃分子诊断公司美国分部(bioMerieux USA),资深统计师(SeniorStatistician);

2010年–2015年,加州大学圣迭戈分校(UCSD)癌症中心生物信息与生物统计共享平台,首席统计师(Principal Statistician);

2015年至今,晶能生物技术有限公司,生物信息学专家。

崔斌

药学博士 / 研究员

研究方向

主要包括高通量NGS方法的基因突变信息数据分析;基于GWAS的case-control association study研究;医学遗传领域致病基因检测的分子生物学技术方法;肿瘤标本的染色体变异分析;遗传性疾病家系连锁定位研究等,近5年在国际杂志期刊上累计发表19篇SCI论文。

工作业绩

2008年,获上海市青年科技启明星荣誉称号;
2008年,《单基因遗传性内分泌疾病的基础研究和临床应用》,获国家科技进步二等奖;
2008年,《嗜铬细胞瘤的早期诊断与治疗》,获上海市科技进步一等奖;
2011年,《嗜铬细胞瘤早期诊断与治疗的推广应用》,获上海市医学科技成果推广奖;
2012年,《类固醇激素与肾上腺疾病发病机制新发现与诊治关键技术建立和应用》,国家科技进步二等奖;
2015年,上海市浦江人才计划。

教育背景

1995年-1999年,吉林大学&沈阳药科大学联合培养,生物(技术)制药专业,本科;
1999年-2004年,沈阳药科大学&中国科学院上海生命科学研究院,药学,博士。

工作经历及职位

2004年-2008年,上海交通大学医学院附属瑞金医院;
2008年-至今,上海市内分泌代谢病研究所;
2012年-2013年,美国亚利桑那州州立大学,生物信息学,博士后;
2013年-2014年,美国贝勒医学院德克萨斯儿童医院,基因诊断,博士后。

姜宁

博士 / 青年副研究员

研究方向

微阵列芯片和高通量‘组学’数据的处理、整合和信息挖掘的分析和方法学研究,已成功开发出具有独立自主知识产权的简化基因组测序及分析平台等多项技术。

工作业绩

自2013年起负责承担了国家自然科学基金、教育部专项及复旦大学校级课题共5项,并以课题骨干参与一项国家科技部‘973’项目,两项十三五国家科技重大专项项目;已发表SCI论文10余篇。

代表性成果:

1. Jiang N,Zhang F, Wu J, Chen J, Hu X, Fang O, Leach L, Wang D, Luo Z*. (2016) A highly robust and optimized sequence-based approach for genetic polymorphism discovery and genotyping in large plant populations. Theoretical and Applied Genetics, 129: 1739-1757, 2016.

2. Wu J, Luo Z, Jiang N*. (2016) Design of efficient simplified genomic DNA and bisulfite sequencing in large plant populations. Quantitative Biology 4(3):226-239, 2016.

3. Jiang N, Wang L, Chen J, Wang L, Leach L*, Luo Z*. (2014) Conserved and Divergent Patterns of DNA Methylation in Higher Vertebrates, Genome Biology and Evolution, 6(11): 2998-3014, 2014.

4. Jiang N, Wang M, Jia T, Wang L, Leach L, Hackett C, Marshall D, Luo Z*. (2011) A Robust Statistical Method for Association-Based eQTL Analysis, PloS One, 6(8), e23192, 2011.

5. Jiang N, Leach L, Hu X, Potokina E, Jia T, Druka A, Waugh R, Kearsey M, Luo Z*. (2008) Methods for evaluating gene expression from Affymetrix microarray datasets, BMC Bioinformatics, 9(1), 284-293, 2008.

6. Wang L, Jiang N, Wang L, Fang O, Leach L, Hu X*, Luo Z*. (2014) 3’Untranslated Regions Mediate Transcriptional Interference between Convergent Genes Both Locally and Ectopically in Saccharomyces cerevisiae, PLoS Genetics, 10, e1004021, 2014.

7. Shen Q, Hu J, Jiang N, Hu X, Luo Z, Zhang H(2016). contamDE: Differential expression analysis of RNA-seq data for contaminated tumor samples. Bioinformatics32(5): 705-712,2016.

8. Zhang H, Xu J, Jiang N, Hu X, Luo Z. (2015) PLNseq: a multivariate Poisson lognormal distribution for high-throughput matched RNA-sequencing read count data, Statistics in Medicine, doi: 10.1002/sim.6449, 2015.

9. Yang S, Liu Y, Jiang N, Chen J, Leach L, Luo Z, Wang M. (2014) Genome-wide eQTLs and heritability for gene expression traits in unrelated individuals, BMC Genomics, 15, 13, 2014.

10. Wang M, Wang L, Jiang N, Jia T, Luo Z*, A robust and efficient statistical method for genetic association studies using case and control samples from multiple cohorts, BMC Genomics, 14, 88, 2013.

11. Wang M, Jiang N, Jia T, Leach L, Cockram J, Waugh R, Ramsay L, Thomas B, Luo Z*, Genome-wide association mapping of agronomic and morphologic traits in highly structured populations of barley cultivars, Theoretical and Applied Genetics, 124, 233-246, 2012.

12. Wang M, Jia T, Jiang N, Wang L, Hu X, Luo Z*, Inferring linkage disequilibrium from non-random samples, BMC Genomics, 11(1), 328-339, 2010.

13. Druka A, Potokina E, Luo Z, Jiang N, Chen X, Kearsey M, Waugh R*, Expression quantitative trait loci analysis in plants, Plant Biotechnology Journal, 8(1), 10-27, 2010.

教育背景

2001-2005年山东大学,

2006-2013年英国伯明翰大学生命科学学院研究生,

2008年获理学硕士学位,

2013年获计算生物学博士学位。

工作经历及职位

2013年5月到复旦大学生命科学学院任教,任青年副研究员。

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